Każda firma, na terenie której powstaje lub przechowywana jest żywność, powinna posiadać precyzyjnie opracowane systemy ochrony przed szkodnikami. Zwykle firmy nie wykonują takich szczegółowych analiz samemu. Można do tego wynająć zewnętrzny podmiot specjalizujący się w deratyzacji i przeciwdziałaniu zagnieżdżania się szkodników.
Szkodniki mogą pojawić się na terenie zakładu właściwie o każdej porze roku. Choć najwięcej obserwuje się ich jesienią, gdy szukają ciepłego miejsca na przetrwanie zimy. Jeśli przy tym wyczują, że jest w nim dostępne pożywienie, będą chciały przedostać się na jego teren. Aby przeciwdziałać zagnieżdżaniu się myszy i szczurów lub robactwa, czy ptaków, trzeba utworzyć solidne zabezpieczenia: siatki, odpowiednie drzwi, czasem pułapki ultradźwiękowe. Uprzednio niezbędny jest audyt, na bazie którego będzie wiadomo, jakie zagrożenie może się pojawić i jakie są słabe punkty terenu, gdzie szkodniki mogą się zagnieździć: czy w pobliżu są zabudowania, czy las, czy okna mają siatki i są jedynie uchylane, w jaki sposób otwierane są drzwi magazynów. To wszystko będzie wpływać na to, jakie zabezpieczenia powinny zostać zastosowane. Kiedy firma przeprowadziła audyt, a potem zastosowała odpowiednie pułapki i zabezpieczenia, niezbędne są cykliczne kontrole. W firmie powinien być wydzielony dział, który będzie zajmować się tym, czy pracownicy zatrudnieni w firmie przestrzegają procedur, czyli np. czy drzwi magazynowe są w każdej sytuacji zamknięte, gdy jest to niezbędne, czy towar w magazynie jest poukładany tak, że się nie rozsypuje, czy zachowany jest świetny porządek. Bałagan, rozsypana mąka, czy ziarna będą powodować, że na terenie magazynu szkodniki pojawią się znacznie szybciej. Jeżeli już wszyscy będą przestrzegać procedur, które zostały wcześniej ustalone, to ryzyko, że szkodniki się pojawią jest minimalne. Oprócz tego regularny monitoring umożliwi usunąć potencjalne zagrożenie szybko, co umożliwi uniknąć dużych szkód. Każdy naruszony przez szkodniki towar powinno się bowiem wyrzucić.
Zobacz: systemy ochrony przed szkodnikami.